第一，有机食品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；其它食品则允许有限使用这些物质，并且不禁止使用基因工程技术。如绿色食品对基因工程技术和辐射技术的使用就未作规定。
第二，有机食品在土地生产转型方面有严格规定。考虑到某些物质在环境中会残留相当一段时间，土地从生产其它食品到生产有机食品需要两到三年的转换期，而生产绿色食品和无公害食品则没有转换期的要求。
第三，有机食品在数量上进行严格控制，要求定地块、定产量，生产其它食品没有如此严格的要求。
有机食品与绿色及无公害食品的显著区别在于：有机食品在生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、除草剂、合成色素、激素、防腐剂、香精等人工合成物质，绿色及无公害食品则可以有限度的使用这些物质。
因此有机食品的生产要比其他食品难得多，需要建立全新的生产和监控体系，采用相应的病虫害防治、地力保持、种子培育和产品加工储存等替代技术。
